Isso deve acontecer também para outras solicitações semelhantes. Por exemplo, se você acessar /source/x/y?value=something , o último bit deverá ser perdido. Você está perdendo a string de consulta.
A documentação indicaria que você precisa adicionar uma [QSA] Flag às novas regras. A questão Mod_rewrite: incluir a string de consulta ao redirecionar também sugeriria.