Isso porque, uma vez que você fecha a conexão da área de trabalho remota, o Windows basicamente "interrompe" o sistema gráfico em execução para esse usuário.
Uma forma de corrigir isso seria conectar-se ao console em execução e efetuar login como se você estivesse localmente lá - você poderia usar o vnc ou o dameware para isso. Em seguida, basta fechá-los e não fazer logoff.
A diferença é que quando você fecha o RDP, ele encerra a sessão ativa, mas o vnc e o dameware não.