Então, depois de um pouco de experimentação, encontrei um trabalho. Se alguém aqui está tendo o mesmo problema que eu estava, então é assim:
Primeiro, extraia seus arquivos (uma dor, mas você só fará isso uma vez). Após re-comprimir sua pasta como uma pasta zipada não criptografada (ou qualquer tipo de arquivo que você escolher). Uma vez feito isso, selecione seu novo arquivo não criptografado no 7zip e escolha "Adicionar ao Arquivo". Desta vez, criptografá-lo (eu recomendo AES 256).
Quando você tiver o arquivo criptografado, poderá excluir o arquivo antigo e não criptografado. Agora abra o novo arquivo criptografado, clique com o botão direito do mouse no arquivo e escolha "Abrir fora". Digite a senha e edite seu arquivo. Quando estiver pronto, você deve receber uma notificação de que o arquivo foi modificado, clique em yes para salvar as alterações, então você deve receber uma segunda notificação, escolher sim novamente e pronto.