Vá para C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs
. Certifique-se de que os programas que estão na sua segunda unidade estejam aqui. Se os seus atalhos dentro das pastas listadas não tiverem uma imagem, parece ser um problema de propriedade.
Acesse C:\ProgramData\Microsoft\Windows
e clique com o botão direito do mouse em "Menu Iniciar" - > Propriedades - > Guia Segurança - > Avançado
No campo "Owner:", clique em Change e digite Everyone e clique em "Check Names". Todos devem estar listados lá e clicar em "Ok". Marque "Substituir proprietário em sub-recipientes e objetos". Agora clique em "Todos" na lista de "Entradas de permissão:" e clique em "Editar" e dê permissões completas.
Depois disso, certifique-se de marcar "Substituir todas as entradas de permissão de objeto filho por entradas de permissão herdáveis deste objeto" e clique em "Aplicar". Seus ícones de atalho dentro da pasta Programas retornarão e o Windows poderá encontrar todos os seus aplicativos novamente. Eu não sei o que quebrou isso em primeiro lugar. Foi assim que eu consertei no meu fim.