Pode ser um problema de energia, um mau conector USB, relacionado ao HDD externo em estado inativo ou algum outro problema.
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Para verificar se a inatividade é o problema, tente um aplicativo como NoSleepHD ou KeepAliveHD ou o utilitário WD que define o tempo de inatividade. BTW, o Ubuntu mantém minhas unidades externas inativas.
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Para verificar a porta USB, tente usar apenas uma unidade e use uma porta diferente daquela que você usa ou use um adaptador USB externo ativado , por exemplo, este adaptador USB 3.0 de 4 portas .