Eu tive esse problema com meu SSD interno uma vez (256GB), ele me disse que eu tinha 200MB de espaço livre, apesar dos dados na unidade ocuparem apenas ~ 140GB. Isso parece ser um problema com o modo como o Windows lida com arquivos.
Eu consertei isso migrando meu perfil de usuário, falhando e tendo que mover tudo de volta. Eu tive que mudar alguns valores de registro, então você poderia tentar rodar o C-Cleaner ou uma ferramenta similar de limpeza e ver se faz alguma diferença.