Você não dá muita informação. Por exemplo. o GRUB carregou ou não?!
Acabei de testar isso em uma máquina virtual. Eu instalei o Debian Stretch com o kernel 4.9 e o btrfs-progs V4.7 em um único disco. O bootloader é o pacote do GRUB 2.02 ~ beta3-4.
Após a instalação, adicionei 3 discos extras (4 discos (com 1 partição cada) no total). Eu instalei o grub em todos os discos e executei update-grub.
Eu reequilibrei os dados e os metadados para o RAID10. Eu até removi um dos discos no conjunto RAID10 para ver o que aconteceu. Eu tive que editar a linha de comando do kernel com rootflags = degradado para inicializar com um disco ausente. Após reconectar o disco novamente e executar uma balança (para converter blocos únicos em raid10 novamente) embaralhei os dados, instalei um pouco de material, reequiquei algumas vezes e ainda inicializei com sucesso. Note que eu NÃO executei o update-grub em nenhum dos discos durante estes saldos.
Além disso, o manual do GRUB indica que o BTRFS RAID0, RAID1, RAID10, gzip e lzo) é suportado: link
Eu não sei muito sobre como o GRUB funciona, mas posso apenas supor que o BTRFS deve ter uma camada de tradução ... um bloco virtual 1234 aponta para onde quer que esteja realmente localizado no disco.
A conclusão baseada em meus testes é que não parece menos assustador inicializar com o btrfs raid10 do que o raid1. Eu não posso responder para o Ubuntu 16.04.1 LTS já que eu não uso, mas eu sugiro que você experimente a si mesmo, porque baseado em meus testes parece funcionar bem.