O problema é que o alias está sendo expandido e executado antes do próximo argumento ser alcançado, portanto, o nome do servidor não está sendo concatenado ao alias expandido.
Neste tipo de casos, você precisa usar uma função:
r_d () {
xfreerdp /u:user /p:password /w:1300 /h:768 /sec:rdp /cert-ignore +cliprdr --plugin rdpsnd --plugin rdpdr --data disk:media:/tmp/RDP /v:""
}
Agora você pode fazer:
r_d server.foobar.com