O pacote ruby é o pacote "original" criado por qualquer desenvolvedor. O pacote "rubygem" é aquele empacotado e fornecido pelo fedora.
Você deve usar os pacotes fornecidos pelo fedora .... a menos que você precise de uma versão que não esteja disponível para as suas necessidades, ou quando o pacote não estiver disponível. Os detalhes técnicos podem ser encontrados em packaging ruby .