Tente:
zip -r myzip.zip . -i folder1/\* *
Notas sobre OP:
-
O
*
apósfolder1/
deve ter escapado. -
O% final
*
é substituído pelo shell com os arquivos na pasta raiz (.
) não-recursivamente , o que significa não incluirfolder3
. A sintaxe-i ./\*
pegaria esses arquivos recursivamente , incluindofolder3
.