Tente:
zip -r myzip.zip . -i folder1/\* *
Notas sobre OP:
-
O
*apósfolder1/deve ter escapado. -
O% final
*é substituído pelo shell com os arquivos na pasta raiz (.) não-recursivamente , o que significa não incluirfolder3. A sintaxe-i ./\*pegaria esses arquivos recursivamente , incluindofolder3.