Qual é o caminho exato para o binário autoconf ? E talvez qual é a adição que você fez ao seu PATH para tentar fazer com que ele olhe para lá?
Sem saber mais nada sobre sua configuração, minha sugestão simples seria tentar acessar a pasta com o binário compilado que você deseja executar e executar o comando da seguinte forma:
./autoconf --version
Isso diz ao shell para executar explicitamente o autoconf que você compilou nesse diretório; apenas executando autoconf --version executaria a instalação do sistema de autoconf .