Quando um dispositivo USB é conectado, o sistema operacional solicita ao dispositivo o descritor de dispositivo. Isso inclui, entre outras coisas, a classe de dispositivo, a subclasse, o ID do fornecedor e o ID do produto. A classe de dispositivos 3 é "dispositivo de interface humana", é o que o Rubber Ducky diz ao SO. O sistema operacional carrega um driver de teclado genérico, e o dispositivo pode enviar as teclas que quiser - é indistinguível de um teclado real.
Existe uma ferramenta para o Rubber Ducky que permite definir seu VID e PID para o que você quiser. Há que deve ser uma maneira de obter o nome do fabricante e o número de série do dispositivo, mas como todos eles são fornecidos pelo próprio dispositivo, o firmware pode simplesmente mentir para o sistema operacional. (Mesmo dispositivos legítimos, por vezes, deixam em branco.)
Em resumo, você está certo, o sistema operacional acredita em qualquer coisa que o dispositivo diga.