Eu recomendo que você experimente o BeyondCompare: link
Tem uma avaliação gratuita. Ele irá comparar arquivos compactados e seu conteúdo. Quando instalado, ele adiciona uma opção ao menu de contexto do gerenciador de arquivos, portanto é tão simples quanto selecionar os dois arquivos, clicar com o botão direito do mouse e selecionar a opção de comparação.
(Eu não estou de forma alguma ligado ao ScooterSoftware, e não tenho certeza de qual é a política aqui sobre software comercial ... mas eu não ligo, o BeyondCompare é incrível.)