Não tenho certeza se entendi o problema aqui.
Vamos supor que o seu servidor tenha o IP 1.1.1.1 e o VPN IP 10.0.0.1 O seu servidor da Web está ouvindo apenas o IP da VPN? Então você precisa adicionar seu nome de domínio ao arquivo hosts em seu PC local como:
10.0.0.1 mydomain.com
Depois disso, você acessará seu servidor da Web usando o nome do domínio.
Dê uma olhada aqui para mais informações sobre problemas relacionados ao DNS.