Não sei se você pode alterar os diretórios de download iniciais do chrome. O que eu sei é que se você usar um Internet Download Manager (IDM), ele será adicionado como uma extensão para o seu navegador. Agora, toda vez que você clicar em um link de download, a janela do gerenciador de download será exibida e você poderá escolher a partir de onde colocar o arquivo baixado. Por padrão, ele adicionará algumas pastas à sua pasta de downloads como forma de organizar arquivos baixados por tipo (música, vídeo, programas, documentos e compactados) que eu realmente gosto. No entanto, não é necessário salvar esses tipos em suas pastas especificadas, pois você tem a opção de "lembrar" um local para cada tipo individual, que, acredito, é o que você está querendo. O IDM é muito mais do que isso, ele também torna os downloads mais rápidos, garantindo que sua conexão nunca fique ociosa, garantindo que você tenha a conexão mais rápida possível com o seu plano de internet. Se você quiser usá-lo, você pode baixá-lo aqui: link