Depois de investigar, parece que fui afetado por um bug, conforme descrito aqui: link
Parece que há um bug quando "resharing" com o samba: Os diretórios são mostrados como arquivos por causa de um bug. O Samba usa a contagem de inode para determinar isso e o cifs define isso como zero. Então, todos os diretórios aparecem como arquivos de tamanho zero.
A solução proposta é recompilar um módulo do kernel para o samba, mas não acho que seja uma solução viável. Já se passaram 3 anos desde a resposta, talvez alguém conheça uma solução melhor agora. O bug original foi marcado como WILL_NOT_FIX em cifs e no samba, nada parece ter acontecido.
Se alguém tiver uma solução melhor, eu gostaria de ouvi-la.