Eu montei vários compartilhamentos SMB (pastas estão localizadas no servidor windows) na minha máquina linux
gvfs-mount smb://user@domain@fileserver/sharedfolder
Eu posso acessar arquivos e editá-los no vim, mas o vim impõe fileformat = unix ao salvar. :set ff=dos afeta qualquer coisa. Nos arquivos locais não há problema.
Atualização: Descobrimos que a causa era a versão antiga do plugin Shougo / vimfiler. Não foi tão claro para mim no início, porque eu raramente uso este plugin, não para abrir arquivos remotos, especialmente.
Atualize o plugin do Vimfiler a partir do repo. Preservar o formato de arquivo no Vim está funcionando bem agora.