Eu não estou ciente de um sinalizador que fará com que o git ignore tais erros, então eu escrevi um script Python que alcançaria (aproximadamente) a mesma coisa. Você pode colocar isso no diretório do seu projeto principal.
#!/usr/bin/python
import os
PROJECT_ROOT = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
def main():
# The following command may fail
os.system('cd {} && git submodule update --init --recursive'.format(PROJECT_ROOT))
# In case the above command failed, also go through all submodules and update them individually
for root, dirs, files in os.walk(PROJECT_ROOT):
for filename in files:
if filename == '.gitmodules':
with open(os.path.join(root, filename), 'r') as gitmodules_file:
for line in gitmodules_file:
line = line.replace(' ', '')
if 'path=' in line:
submodule = line.replace('path=', '')
os.system('cd {} && git submodule init {}'.format(root, submodule))
os.system('cd {} && git submodule update {}'.format(root, submodule))
if __name__ == '__main__':
main()