Não, no sentido arbitrário, não, isso não será possível. Cada navegador e sistema operacional faz o possível para impedir que códigos não autorizados (como o JavaScript em alguma página aleatória) acessem arquivos e configurações que não sejam do navegador. A maioria dos navegadores modernos executam o javascript (ou o navegador inteiro) em um sandbox que o isola do restante do sistema.
É concebível que você possa arquitetar um sistema onde o software pré-implementado no sistema cliente possa executar ações de escopo do sistema com base em informações de aplicativos da Web específicos, mas isso exigirá desenvolvimento personalizado e amplo conhecimento dos aspectos técnicos envolvidos. Essa é a abordagem que o ActiveX, o Flash e vários outros tempos de execução implementam.
Algumas coisas a considerar:
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Problemas práticos de segurança do javascript: link