Não estou muito familiarizado com as edições no Acrobat, mas encontrei o seguinte. No final desta página, há instruções sobre como fazê-lo:
Renumber pages
The page numbers on the document pages do not always match the page numbers that appear below the page thumbnails and in the Page Navigation toolbar. Pages are numbered with integers, starting with page 1 for the first page of the document. Because some PDFs may contain front matter, such as a copyright page and table of contents, their body pages may not follow the numbering shown in the Page Navigation toolbar.
Note que este pode ser apenas rotulagem e não renumeração real de páginas (I.E. Alterando 1 para não alterar 1 para 3).
Espero que isso ajude.