Você pode atualizar uma instalação do Wubi - da mesma forma que uma atualização normal, seja do Update Manager ou via CD Alternativo (enquanto executa o seu Ubuntu Wubi). Observe que o CD alternativo foi descontinuado desde a versão 12.10, portanto, é necessário usar o Gerenciador de Atualizações.
Eu recomendo que você verifique se há bastante espaço livre - pelo menos 3GB - a atualização subestima o espaço necessário ( relatório de erros aqui ).
Além disso, uma precaução rápida e fácil é fazer o backup do \ubuntu\disks\root.disk
do Windows antes da atualização - assim, se falhar, você poderá simplesmente copiar o root.disk antes da atualização.
Observe que a atualização para 14.04
exigirá uma solução alternativa manual para inicializar .