Desagrupando as imagens em questão algumas vezes, até que a barra de status mostrasse "imagem" em vez de "grupo de 1 objeto", resolvendo o problema. Alguns dos grupos vazios tinham efeitos de máscara e clipe aplicados a eles, e o empilhamento desses efeitos foi o que causou o erro. Os grupos / efeitos podem ser removidos com segurança sem distorcer as imagens.
Aparentemente, os PDFs importados para o Inkscape muitas vezes podem ter grandes pilhas de grupos inúteis, e isso pode disparar o bug.
Eu iniciei um relatório de erros para acompanhar o erro: link