Use
ffmpeg -i input_vid.mp4 \
-vf "movie=watermark_3.png:loop=0.1,setpts=N/FRAME_RATE/TB,scale=144:31,format=rgba,fade=in:0:30:alpha=1[watermark]; \
[in][watermark]overlay=5:H-h-15:shortest=1,scale=180x320[out]" \
-c:v libx264 -pix_fmt yuv420p -preset ultrafast -c:a copy out.mp4
O fade tem que ser aplicado na cadeia de marca d'água para afetá-lo apenas. O sinalizador de loop é configurado para um número abaixo de um, para que ele dê um loop na imagem única indefinidamente. setpts garante timestamps de aumento monótono.