Para ser claro, parece que você está descrevendo uma estrutura de pastas que se parece com isso:
{unknown}\dir0\dir1\batfile.bat
{unknown}\dir0\dir1\exe0.exe
{unknown}\dir0\dir2\dir3\script.js
Uma maneira muito simples de fazer isso é evitar o uso de letras de unidade e, em vez disso, usar caminho relativo, como este:
exe0.exe ..\dir2\dir3\script.js
No entanto, se o seu exe está esperando para obter uma unidade completa e caminho como parâmetro, então você vai precisar de um pouco mais. Algo assim vai funcionar:
pushd ..\dir2\dir3\script.js
set "ScriptDir=%cd%"
popd
exe0.exe "%ScriptDir%"