Eu não sei sobre Atom, Slime ou outras coisas, mas falando de modo geral, os arquivos em sua pasta AppData meramente armazenam configurações de aplicativos específicos do usuário e geralmente serão regenerados por esses aplicativos quando eles forem executados na próxima vez.
Com alguns aplicativos, você pode transferir as configurações para o novo perfil copiando as pastas, mas não todas. Também tenha cuidado com as pastas relacionadas à Microsoft e ao Windows.
Se esses programas forem instalados na pasta AppData do seu perfil, em vez da pasta Arquivos de Programas (provavelmente com software Linux de código aberto portado para o Windows), você poderá copiar apenas suas pastas sem problemas. Tais programas geralmente dependem apenas de arquivos de configuração e não usam o registro para salvar suas configurações. Apenas observe que você pode precisar modificar o caminho em seus atalhos.