Você precisa criar uma partição de 50Mb em FAT32 no seu HDD.
Em seguida, baixe uma imagem do Millenium Bootable Disk sem RAMDrive de AQUI
Extraia o utilitário sys.com desta imagem e grave no seu disquete.
Inicialize a partir do disquete e digite o seguinte comando para tornar o HDD inicializável e transferir arquivos de sistema para ele:
sys.com C:
Então você pode copiar todo o conteúdo do seu disquete para o HDD.
Isso é tudo.