Se você quer dizer janelas de tela cheia (como players de mídia, jogos, etc.), temo que não funcione como no Windows. Pelo que li, não há como verificar programaticamente se um aplicativo de tela cheia está em execução ou não. (Assim, também é impossível ter seu status de mensagem instantânea ocupado quando você inicia um aplicativo de tela cheia)
A única solução seria ter o seu cais sempre em segundo plano. Mas então você pode precisar mover uma janela para longe do local para ver a doca.
Outra ideia é iniciar aplicativos de tela cheia, como jogos em outro X-Display. Dessa forma, suas mensagens de encaixe ou libnotify não aparecerão e atrapalharão. Além disso, você pode pausar seu jogo e voltar para o seu dektop para conversar ou o que for ... isso pode ser complicado, porque a maioria dos jogos proíbem apenas o Alt + Tab.
Você pode fazer isso indo para outro terminal, por exemplo, Ctrl + Alt + F2 para o segundo.
Em seguida, faça o login e digite xinit -- myapp :1 , onde "myapp" deve ser substituído pelo programa que você deseja iniciar. O programa começa agora em outra instância x na exibição 1 (exibe início em: 0). A instância será eliminada automaticamente quando o seu programa terminar. Para voltar ao seu desktop pressione Ctrl+Alt+F7