Eu consegui! Eu descobri que depois de ativar a opção:
Launch GNOME services on startup in Settings Manager -> Session and startup
Consegui me livrar dessas notificações irritantes.
No entanto, depois de ativar essa opção, o teclado integrado também será iniciado e meu plano de fundo da área de trabalho será preto, sem a opção de alterá-lo. Vou tentar consertá-lo, mas posso viver com isso.