Não, o ssh-keygen não faz isso. Apenas gera chaves de autenticação.
No entanto, todas as sessões do SSH já estão criptografadas. O cliente SSH automaticamente cria uma chave simétrica durante o estágio "kex" ou "troca de chaves" usando DH ou ECDH, e usa-a para criptografar toda a sessão. (Na verdade, você não pode desligá-lo.) Portanto, não há razão para gerar essas chaves manualmente.