Não existe essa configuração.
Não vai ajudar você de qualquer maneira. Se os usuários tiverem permissões para modificar as configurações do FileZilla Server na GUI, eles deverão poder editar seu arquivo de configuração XML (caso contrário, a interface de administração não poderá salvá-lo). Portanto, ocultar algumas opções de GUI não ajudará, pois os usuários podem editar o arquivo XML diretamente.
Embora o FileZilla Server seja de código aberto. Assim, você pode criar uma versão personalizada adequada às suas necessidades.
Embora seja mais fácil, não permitir que os usuários mexam com a configuração do FileZilla Server. Em vez disso, crie um script simples que o usuário execute, insira suas credenciais e o script adiciona uma entrada ao arquivo de configuração XML do FileZilla Server com as permissões desejadas.