Você está verificando falhas no log de eventos ou está dizendo que não está vendo pop-ups de notificação que indicam falhas? Eu começaria verificando o visualizador de eventos para ver o que está acontecendo com o Windows Update durante esses períodos, pois isso deve fornecer uma explicação mais detalhada sobre o que está acontecendo. (Para chegar a esse registro: Botão Iniciar > Executar > digite "eventvwr.exe" > Expanda "Registros do Windows" > Realce "Configuração").
Então, no lado direito da tela, veja todas as entradas recentes e veja se você encontrar alguma falha lá. Especificamente, pode ajudar a ver o que está acontecendo nas horas em que você vê as notificações reaparecerem e também durante os horários em que o computador está sendo desligado.