Aparentemente, esse é um problema conhecido no Atmel Studio e no Windows 7. Depois de algumas pesquisas, descobri este Atmel thread onde alguém reclamou sobre o mesmo problema. A resposta nesse site está vinculada a esta página de suporte do Windows com um link para uma correção rápida do Windows. Depois de baixar e instalar essa correção rápida, tudo corre muito bem para mim.