Tente o seguinte:
Get-ChildItem -recurse -name | ForEach-Object { If($_.Substring($_.Length-1) -eq ".") { Move-Item $_ $_.Substring(0,$_.Length-1) } }
Isto irá obter cada item, verificar se o último caractere é um .
e, se for, moverá para o mesmo nome sem o último caractere.