Eu tenho esse problema também. Às vezes, a janela de ferramentas está dentro de outra tela.
Tente o seguinte.
- sob a aba do Windows clique em Modo de Janela Única
- se a janela de ferramentas não estiver dentro da janela principal, use a aba Windows novamente e clique em Diálogos acopláveis → Opções de ferramentas .
Se as ferramentas e a caixa de camadas não entrarem na janela principal do seu gimp, tente alternar o Modo de Janela Única . Isso ajuda às vezes.