O Unity é implementado como um plugin do Compiz, portanto é como um efeito padrão do Compiz. Comparado aos efeitos padrão do Compiz, o Unity usa alguns recursos de hardware da placa gráfica. Além disso, o Compiz está disponível no Linux há muitos anos, portanto é bastante maduro.
Por outro lado, o GNOME Shell possui o Mutter, um novo gerenciador de janelas que não usa o Compiz. Portanto, haverá diferenças. Mutter pode ter alguns bugs, ou pode ser ainda mais rápido do que com o Compiz. O GNOME Shell não pode fazer todos esses efeitos do Compiz 3D, como o Cube, porque ele não usa o Compiz.
O que você deve fazer é experimentar os dois e procurar por mensagens de depuração que possam explicar problemas de desempenho.