Evidentemente, o programa que você usou para modificar o arquivo, na verdade, o exclui (quebra o hardlink) e o recria, deixando os dados originais no arquivo que você tinha vinculado a ele.
Se você quiser que um arquivo continue apontando para um caminho / nome de arquivo diferente, mesmo se o destino for excluído, você poderá usar um link simbólico. Basta usar mklink
em um prompt de comando administrativo sem a opção /h
.