Sua partição provavelmente está montada fora da sua pasta pessoal; O Ubuntu One não suporta a sincronização de arquivos que não estão em sua pasta pessoal, como descrito em Por que não sincronizar pastas fora de casa com o Ubuntu One? . Essa resposta também tem alguma discussão sobre sincronização de outras partições e por que você deve ser cauteloso com isso, então se você decidir montar sua partição FAT em sua pasta pessoal para torná-la sincronizável, leia essa resposta primeiro para descobrir por que isso é potencialmente não é uma boa ideia.