Este é um bug muito antigo no Gnome. No passado, parecia que os desenvolvedores do Gnome / GTK acreditavam que os usuários deveriam apenas usar o Gerenciador de Arquivos para gerenciar arquivos e usar o "seletor de arquivos" para escolher arquivos para abrir ou salvar, mas não renomear ou excluir.
Talvez os desenvolvedores possam ser convencidos do contrário.