Verifique se esse arquivo existe no seu sistema: /lib/systemd/system/bind9.service
Em caso afirmativo, você está quase certamente usando o systemd para todas as suas necessidades de "init" e você precisa editar esse arquivo para alterar as opções de inicialização. Depois de ter feito isso, execute service bind9 restart
E sinta-se à vontade para excluir /etc/default/bind9
se a execução de dpkg -S /etc/default/bind9
não mostrar nenhum proprietário de pacote. Isso eliminará possíveis confusões no futuro.