Se o caminho entre aspas não precisar de aspas (sem espaços), elas serão automaticamente removidas quando você salvar o atalho. Isso é normal e não deve afetar nada.
Se você acabou de executar D:\Steam\steamapps\common\Unturned\Unturned.exe -nographics -batchmode +secure
em um prompt de comando e ele falhar, há algo errado com seu comando e / ou com os argumentos que você forneceu.
Específico para o Unturned, o vários tutoriais parecem dizer que o comando +secure
deve ser como +secureserver/Your server
, então talvez seja aí que seu problema existe.