Eu sugiro que você tente duas coisas:
- Use um teclado da Apple com sua caixa do Linux.
- Configure seu teclado para que Ctrl seja mapeado para Command e vice-versa.
Para alcançar o nº 2, você precisa alterar o mapeamento do teclado. Existe um artigo que descreve este processo aqui: link
Embora o artigo seja direcionado aos usuários do Ubuntu, a ferramenta descrita é a mesma em todas as distribuições do Linux. Isso só precisa ser feito no computador ao qual o teclado físico está conectado.