Eu não posso dizer com certeza que esse comportamento não pode ser substituído, mas eu suspeito que seja por design. Nesse caso, um método para alcançar o que você deseja de forma programática é eliminar o processo antes de fazer qualquer alteração. De um arquivo de lote, isso é tão simples quanto
taskkill /f /im chrome.exe
A execução dessa ação antes de fazer as alterações deve garantir que todas as instâncias do Chrome sejam fechadas antes do uso.