Parece que o site que você espelhou está manipulando .html de uma maneira especial. Normalmente, isso seria HTML estático sem qualquer script do lado do servidor, que é passado como armazenado no disco por um servidor da Web.
O argumento ?foo=bar não tem efeito no HTML estático. Se isso funcionar no site ativo, sugeriria que .html arquivos nesse servidor sejam realmente manipulados com um processador de scripts.
Isso resulta em você ter a saída renderizada do script usando wget em vez do script que gerou a saída. Como você não possui o script real, a saída pode ser diferente se a saída dos scripts for diferente, dado os argumentos.