Eu também fiz uma nova instalação de 17.04 vindo de 16.04 e encontrei o mesmo problema.
Consegui fazê-lo funcionar com:
sudo pico(or whatever editor) /usr/share/applications/org.gnome.Terminal.desktop
e comentou esta linha:
OnlyShowIn=GNOME;Unity7;
com resultado final:
#OnlyShowIn=GNOME;Unity7;
Por enquanto está trabalhando para mim. Espero que isso ajude você também.