Soluções possíveis:
A) clique e arraste o layout do monitor 2 um pouco para a direita até que a borda esquerda do monitor 2 esteja alinhada com o monitor 1, com a borda direita do monitor 2 se estendendo além da borda do monitor 1. B) Find e usar algum software que lhe dê melhor controle sobre a organização dos ícones da área de trabalho (eu pessoalmente adoro o Stardock Fences).
Explicação: meu palpite é que, ao mencionar a resolução do laptop, parece que ela está sendo alterada de alguma forma. Talvez a resolução do monitor 1 seja virtualmente estendida para ser tão "ampla" quanto o monitor 2; para que o Windows pense que a extremidade esquerda da área de trabalho do monitor 1 se estende para alinhar com a borda esquerda da área de trabalho do monitor 2.
Com a solução proposta A), espero que, então, os ícones do monitor 1 não "desliguem" a tela para alinhar ao monitor 2, porque não há mais nenhum espaço virtual para alinhar.
É lamentável que não exista uma solução integrada para o Windows para esse problema específico ou, em outras palavras, que a única correção seja garantir que as bordas esquerdas dos desktops de monitores empilhados verticalmente estejam alinhadas.