Não há necessidade de criar vários PPAs, a menos que seja necessário. Por exemplo, compilações diárias e versões estáveis do mesmo projeto (mesmo pacote) precisariam ser PPAs separados, já que você não pode ter várias versões do mesmo pacote, em um único arquivo. Entretanto, apenas fazer pacotes de várias coisas nas quais você se interessa, ou como um ponto de preparar os pacotes que você deseja propor para inclusão nos repositórios Debian ou Debian, não requer múltiplos PPAs.
A melhor coisa que você pode fazer é organizar de maneira a minimizar qualquer dano potencial aos sistemas dos usuários que decidirem adicionar seu PPA. Embalagem de bibliotecas e aplicativos que já existem no Ubuntu, pode aumentar muito o potencial de danos, especialmente se você começar a adicionar patches extras e tal.