A transparência não está especificada no formato da paleta do GIMP, porque as cores não têm uma transparência por si só no GIMP - em vez disso, isso é determinado pelas configurações da ferramenta de pintura, transparência da camada, seleção parcial, ...
Se você quiser estender o formato da paleta, também terá que fazer a codificação nos aplicativos que está usando (Inkscape, por exemplo) para reconhecer o formato alterado.