Uma solução que me ajudou a evitar isso no Windows 10: separe as teclas de atalho com a tecla Win definida em um arquivo em vários arquivos, para que cada arquivo contenha no máximo um deles. Exemplo:
Antes:
#E::Run, "some command";
#T::Run, "another command";
Depois: (dois arquivos)
#E::Run, "some command";
#T::Run, "another command";