Nada poderia dar errado - sua instalação do Linux não está afetando a instalação do Windows, está afetando a data e a hora armazenadas no BIOS. Não há muito mais o que fazer sem a sua intervenção.
Para manter quaisquer pacotes e dados salvos, procure instalar o Linux em um USB em persistent mode
. Isso salvará as alterações feitas e deverá parar de redefinir o relógio a cada inicialização.
Outras leituras sobre a instalação do Ubuntu USB persistente