Você pode fazer isso com python + pandas
import pandas as pd
import numpy as np
import glob
a = glob.glob("C:/Documents and Settings/Administrator/My Documents/*.xlsx")
all_data = pd.DataFrame()
for f in a:
df = pd.read_excel(f)
all_data = all_data.append(df,ignore_index=True,sort=False)
print all_data
Isso mesclará todos os dados do local especificado e será exibido